试管婴儿过程需要对精子、卵母细胞或胚胎在体外进行培养。正常情况下体外培养体系中应该只有精子、卵母细胞或胚胎生长，如果体外培养过程中出现了其它微生物(包括细菌、真菌等)的生长、扩增，称为污染。取精、取卵过程或实验室体外操作过程中各种外源微生物的污染，或精液、卵泡液中本来可能携带的微生物等都可能成为污染的来源。发生率为0.5—1%。最常见的污染源为精液。一旦发生污染，生长扩增的微生物可能产生各种毒素，影响胚胎的发育。其对于子代安全性的影响尚不明确，因此不建议移植污染胚胎